Il Museo è allestito all’interno degli eleganti ambienti dell’attuale Seminario Vescovile già collegio molfettese della Compagnia di Gesù, edificato a partire dal 1610.
Furono, infatti, i Gesuiti ad avviare una importante attività culturale nella cittadina adriatica, indirizzando le prime fabbriche della loro residenza a pubblico collegio per lo studio oltre che delle scienze teologiche anche delle discipline umanistiche e scientifiche.
Ragion per cui il poter destinare oggi una parte della struttura architettonica (il corpo di fabbrica di ponente) ad attività museale e culturale, costituisce un’occasione unica per il recupero del ruolo sociale che l’istituto ha sempre svolto nei riguardi della città.
Già nel 1881 Mons. Filippo Giudice Caracciolo dispose l’allestimento di alcune sale museali presso il Seminario Vescovile. In esse si poteva ammirare la prima raccolta di materiale archeologico proveniente dal Pulo di Molfetta, appartenuta all’arciprete e letterato molfettese G. M. Giovene (n. 1753 - m. 1837).
In seguito la collezione fu arricchita dai reperti provenienti dalle zone archeologiche di Terlizzi e Bisceglie, raccolti dall’arcidiacono Francesco Samarelli in varie campagne di scavo, e da donazioni di collezionisti privati (Cascarano – de Trizio).
Dopo un periodo di stasi si deve alla lungimiranza di Mons. Achille Salvucci (1935-1978) la sua riapertura e a Mons. Aldo Garzia l’istituzione del Museo–Pinacoteca nel 1980.
Negli anni successivi, a motivo dell’accrescimento del patrimonio museale, il Museo Diocesano ha avuto diverse ristrutturazioni fino all’attuale riordino voluto dal Vescovo Mons. Luigi Martella.
Esso è articolato in sei sezioni distinte: archeologia, lapidario, scultura, paramenti sacri, pittura, argenti.
Degna di nota è la Biblioteca del Seminario Vescovile che ha sede al primo piano, all’interno di una monumentale sala affrescata. E’ una Biblioteca ad indirizzo teologico-umanistico, costituita dai fondi librari dell’ex Collegio dei Gesuiti e dell’ex Studio dei Domenicani oltre che dalla stratificazione di fondi librari eterogenei, provenienti dalle varie donazioni succedutesi nel tempo. Considerevole è il fondo manoscritti e il fondo antico composto da incunaboli e oltre duecento cinquecentine, accanto ad edizioni del Seicento e Settecento.